Jiří Beneš je autorem více než dvou desítek knih a řady odborných i popularizačních textů. Ve své publikační činnosti se věnuje především Starému zákonu, výkladu hebrejského biblického textu, biblické teologii a hledání významu biblického poselství pro současného člověka.
Výběr z knižní tvorby
- Žalmy (1–30): hlas duše (2022)
- Prameny pro divoké osly, s Petrem Vaďurou (2020)
- Pláč Jeremjášův (2020)
- Dvanáctka: Uvedení do Malých proroků (2. vydání, 2019)
- Jozue: Svatá slova v knize Jozue (2017)
- Kniha o Bohu soudci. Teologie knihy Daniel (2015)
- Ozvěny Izajášova volání (2012)
- Směrnice a řády: Zákoník v Páté knize Mojžíšově (2012)
- Elíša (2011)
- Nevystižitelný Bůh?, s Petrem Vaďurou (2010)
- Pradějiny, s Petrem Vaďurou (2010)
- Desítka: Desatero aneb deset slov o Bohu a člověku (2008)
- Dvanáctka: Úvod do studia Malých proroků (2006)
- V moci Slova (2003)
- Poutní písně: výklad žalmů 120–134, s Janem Hellerem (2001)
